Будівництво храму Святої Софії наприкінці XVI ст фундувала багата властителька "чорної кам'яниці" на Ринку міста Софія Ганльова.

Під час облоги міста турками-османами у 1672 році зхрам згорів. Після відбудови він набув вигляду однонавого з невибагливою бароковою формою фасаду.
У 1817 році приміщення передано сестра милосердя коселу сСвятого Казимира.

Під час радянського тоталітарного режиму храм використовувався не за призначенням. У 1992 році храм було освячено як парафіяльний.